Photoshop5.0版提供了二種原生格式一是直接的Photoshop格式，另一個是Photoshop 2.0格式，直接的Photoshop格式可以儲存Photoshop 3.0版和以後的版本，這是Photoshop的特殊格式，這個格式可以儲存任何您應用在Photoshop的屬性包括圖層（Layer），較為特殊的是Photoshop 5.0版提供的「Photoshop格式」是有別於Photoshop 4.0的，因為Photoshop 5.0版的Layer Effects（圖層特效）是Photoshop 5.0版獨有的，因此舉凡圖層上的特效和文字編輯在其他先前版本下是無效的，也就是您若使用Photoshop 4.0版去開啟包含有圖層上的Photoshop 5.0版特效和文字編輯時，則這些特效將不會出現，而文字將會是空白。
Photoshop 2.0格式只相容於早期的Photoshop格式，因此它並不相容於有圖層的檔案格式。

Photoshop 5.0提供了直接的Photoshop格式及Photoshop 2.0格式，直接的Photoshop格式是Photoshop 5.0的特殊格式，這個格式可以儲存任何您應用在Photoshop 5.0的屬性包括圖層（Layer）。而Photoshop 2.0格式只相容於早期的Photoshop格式。

Photoshop5.0版直接的Photoshop格式可以儲存Photoshop 3.0版和以後的版本，這個格式可以儲存任何您應用在Photoshop的屬性包括圖層，較為特殊的是Photoshop 5.0版提供的「Photoshop格式」是有別於Photoshop 4.0的，因為Photoshop 5.0版的Layer Effects（圖層特效）是Photoshop 5.0版獨有的。

這個TIFF（Tag Image File Format）格式早期是在Mac平台上由Aldus公司發展出來的，如今已發展到橫跨WinPC及Mac平台的超級格式。TIFF格式支援的軟提幾乎無所不包，也由於它的相容性加上WinPC及Mac平台均支援TIFF格式， 這幾年來TIFF格式以嚴然是一個工業標準了。
Photoshop在儲存TIFF格式會讓您選擇IBM PC或Macintosh格式，和是否要用LZW Compression方式壓縮影像。 這個號稱無損壓縮的壓縮型式也有一大堆影像編輯器和桌上排版軟體支援，這些包括FreeHand、PageMaker、QuarkXPress和Illustrator6.0以後的版本皆可以輸入壓縮的TIFF格式影像，然而卻仍有些許軟體並不支援這個壓縮的TIFF格式影像。

Photoshop支援以EPS格式儲存的物件導向檔案，EPS格式是一種針對物件導向圖形而特別
設計的格式，讓您可以輸出至PostScript的輸出裝置。
在Photoshop 4.0版以前，Photoshop 只能解譯Illustrator所支援的EPS格式中的一部份（只有文字和部份子集），Photoshop 4.0和5.0提供了完整的EPS格式解譯引擎，讓你可以解譯用Illustrator、FreeHand、PageMaker、QuarkXPress、CorelDraw等所建立的EPS美工圖案，包括內含的EPS貼圖。
當您開啟一個EPS格式檔案時，Photoshop會將這些物件的向量圖形轉換併著色成點陣圖像。其中並會讓您作EPS格式轉換選擇設定 （Rasterize Generic EPS format）對話盒；讓您可以自定解析度和影像大小及色彩模式等。
在各編輯程式中EPS格式大多數格式中最為強大的格式 ，EPS格式也是眾多格式中唯一能讓您將在Photoshop中的Path儲存的格式。
當你在Save對話框選取存成EPS格式時，當你按下「Save」時即會儲存選項對話框供您選擇。
EPS格式包括兩個部份：
1.針對PostScript的輸出裝置的語法描述
2.點陣式預視圖，讓你可以在螢幕上看到圖像大樣。
公司

Include Halftone screen 是使用EPS格式保留列印屬性。假若你利用頁面設定（Page setup）內的Screen 按扭去指定Halftone screen 你就可以選擇此項選擇一併儲存起來。
Include Transfer Function 相同的，假若你利用頁面設定（Page setup）內的Transfer 按扭來改變列印影像的明暗對比，你就可以選擇此項選擇一併儲存起來。
PostScript Color Management 假若你利用頁面設定（Page setup）內的PSPPrinter Options 按扭來設定列印影像的顏色管理，你就可以選擇此項選擇一併儲存起來。

DCS格式是由Quick公司由EPS格式演變而來，這個格式稱為「DCS」（Desktop Color Separtion），這個格式讓你可以將輸入的圖形作分色列印，而假若你的EPS檔案是CMYK影像時，Photoshop會顯示一個額外的Desktop Color Separtion（桌面分色）選項，當你選擇DCS格式（其實DCS格式 又有DCS1.0及DCS2.0）儲存後，按下「Save」時在Photoshop 5.0將會有另一個DCS Format對話框出現，按下「OK」後Photoshop會分別儲存C、M、Y、K及一個主檔共五個檔案。

PICT格式是少數幾種可以掌控物件向量圖形和點陣影像的格式。PICT（Macintosh Picture）格式是麥金塔系統軟體圖形的內定的原生格式，讓系統運用QuickDraw將圖形轉譯到螢幕上。當您選擇PICT格式儲存時Photoshop 將會提供JPEG壓縮選項。
透過PICT格式讓你可以讓你運用非PostScript的輸出裝置。你也可以從SimpleText到Word的文書處理器上開啟PICT格式圖片。

JPEG格式是目前各平台環境中最有效率與最重要的壓縮程式，也是一個相當受歡迎的壓縮標準。不像TIFF格式它是一個無損壓縮格式，而JPEG格式則是一種破壞性壓縮；JPEG格式為了節省更多的檔案空間而犧牲了影像品質，然而所幸的是JPEG格式在你存檔時也讓你可以選擇影像品質。